Kita tidak bisa memungkiri sejarah yang cukup panjang dan penuh tantangan terkait lahirnya Induk Koperasi Pondok Pesantren (INKOPONTREN) sebagai lembaga ekonomi umat dilingkungan Pondok Pesantren yang berdiri sejak tanggal 13 Juli 1994 melalui “Deklarasi Mangkuyudan” di Pondok Pesantren Al-Mua’yad Kota Surakarta, tentang kesepakatan Koperasi Koperasi Pondok Pesantren serta berbagai Puskopontren dari seluruh Provinsi di Indonesia menyatakan penting adanya Induk Koperasi Pondok Pesantren.. Harus diakhiri “romantisme” INKOPONTREN yang pernah memiliki berbagai usaha berskala besar Industri Makanan, bidang pertanian, perkebunan, peternakan dan jasa lainnya yang berhasil melayani kebutuhan sehari – hari santri dan guru/ ustadz pondok pesantren serta masyarakat sekitar, namun karena berbagai hambatan dan kendala sampai akhirnya mengalami masa masa sulit, hal itu telah kita lewati hingga terselengaranya RAT yang setiap tahun kita selenggarakan, kini kepengurusan INKOPONTREN mencoba berbenah dan melakukan penataan dan revitalisasi diberbagai bidang khususnya Administrasi, kelembagaan/ Organisasi dan fokus pada Bisnis/Usaha yang terkorelasi dengan Anggota/ Pusat Koperasi Pondok Pesantren se Indonesia. Dimasa yang akan datang, INKOPONTREN sebagai Institusi Bisnis akan mengalami banyak sekali tantangan yang harus hadapi dan dibenahi baik oleh pengurus, pengawas maupun anggota, INKOPONTREN akan maju dan berkembang manakala semua komponen yang ada baik pengurus, pengawas, anggota bersama sama membangun dan mengembangkan koperasinya. Saat ini kami sadari belum mampu secara maksimal memberikan manfaat bagi anggota. Karena kita semua masih belajar bagaimana berkoperasi yang baik. Namun kita semua harus yakin dan memberikan optimisme bahwa dimasa depan Koperasi akan mampu mewujudkan diri menjadi salah satu soko guru perekonomian nasional. Upaya-upaya pengembangan INKOPONTREN terus ditingkatkan dengan peningkatan sistem manajemen pengelolaan usaha yang lebih maju dan lebih transparan sehingga Pengawas dan Anggota dapat mengetahui perkembangan Koperasi. Selain itu, Pengurus INKOPONTREN akan terus meningkatkan kemampuan dan mempunyai komitmen untuk memajukan Koperasi sebagai sebuah perusahaan. Komitmen yang kuat ini harus dimiliki oleh semua Pengurus mulai dari tingkat pimpinan sampai manajemen dan didukung oleh semua anggota. Dengan demikian akan terbangun keterpaduan semua unsur dalam perkembangan Koperasi.